تأسست مدرسة الحسين الابتدائية وسط مدينة كربلاء المقدسة عام 1918 ميلادي، حيث تعرضت بناية المدرسة الاصلية الى الانهيار والتي كان موقعها وسط المدينة بالقرب من دائرة الاتصالات، والان هيه ضيفية على بناية مدرسة اخرى قديمة.
يقول الاستاذ علي حسون كاظم الموسوي مدير المدرسة: انا باشرت بادارة المدرسة منذ عام 1990 وكانت المدرسة تحتوي على وثائق وقيود يعود تاريخها الى عام 1918 ولحسن حظنا عند تعرض العديد من المدارس الى الحرق اثناء احداث عام 1991 بادر حارس المدرسة باخراج هذه الوثائق ورميها خارج المدرسة ومن ثم قمنا باخذها الى البيت.وتم الحفاض عليها الى يومنا هذا.
وعن تسمية المدرسة يقول الموسوي كانت تسمى في بداية تاسيسها المدرسة الابتدائية الاولى ومن ثم تم تغيير اسمها الى مدرسة الحسين (عليه السلام).